Die Forschung in der Klassischen Homöopathie umfasst wie in jedem medizinischen Fachgebiet verschiedene Aspekte.

In der Grundlagenforschung wird an verschiedenen Modellen (Zellen, Pflanzen, Tiere) untersucht, ob homöopathisch potenzierte Substanzen eine spezifische Wirkung zeigen. In der „Homeopathic basic research experiments database HomBRex „ sind 1310 Originalarbeiten erfasst, die insgesamt 1772 Experimente beschreiben. Clausen et al. kommen in ihrer Übersichtsarbeit zu den Daten aus HomBRex zur Schlussfolgerung, dass viele Experimente zwar positive Resultate für Hochpotenzen zeigen, dazu aber oft unabhängige Untersuchungen zur Bestätigung dieser Resultate fehlen.

Die klinische Forschung umfasst Studien zur Wirkung (efficacy) und Wirksamkeit (efficiency). Dabei werden die üblichen Studiendesigns und Methoden der konventionellen Medizin verwendet, wobei es umstritten ist, ob sich randomisierte, plazebokontrollierte Doppelblindstudien RCT zum Nachweis der Wirkung (efficacy) von ganzheitlichen Therapiesystemen wie der Klassischen Homöopathie eignen [Kienle et al. ]. Um den spezifischen Besonderheiten der Klassischen Homöopathie gerecht zu werden, ist es wünschenswert bei Durchführung einer RCT das Studiendesign entsprechend anzupassen. In der Berner Studie zur homöopatischen Behandlung von Kinder und Jugendlichen mit Aufmerksamkeitsdefzititsyndrom ADS ist dies exemplarisch umgesetzt worden [Frei et al. ]. In der CORE-Hom Datenbank sind aktuell 1117 klinischen Studien zur Homöopathie erfasst.